Haur txikietan, anormaltasun hormonal bat izanez gero, tratamendua injekzioak izan daitezke Testosterona, dosia eta erregulartasuna endokrinologoak ezartzen ditu. Ondo jarraitutako tratamendu honek zakilaren tamaina handitzen du. Mikrozakila testosteronarekin sentikorrak ez diren zakilaren ehunek eragiten dutenean, tratamendu hormonal honek ez du eraginik.

Mikrozakila zenbat eta lehenago detektatu, orduan eta azkarrago jarri tratamendua, orduan eta eraginkorragoa izango da. Tratamendua pubertaroaren inguruan ere beharrezkoa izan daiteke. Pubertaroaren ondoren, tratamendu hormonala ez da eraginkorra, ehunek ez baitute modu berean erreakzionatzen.

Mikropenisaren tratamendu kirurgikoa     

Helduaroan, mikrozakila tratatu ez denean edo tratamendua behar bezain eraginkorra izan ez denean, kirurgia posible da. Hala ere, ez du beti emaitza sinesgarririk ematen.

Lotailuaren atala esekidura zakilarena, zakiletik pubisera doana, eskain daiteke. Ez du zakila inola ere aldatzen baina pubisetik partzialki askatzen du, luzeagoa irudituz. Behatutako irabazia 1 eta 2 cm artekoa da egoera flazkoan eta 1,7 cm koadroan. Luzatze hori zakil tente ezegonkor baten truke eskuratzen da, pubisari ez baitago ondo lotzen, eta horrek sartzea erraztu dezake.

LAgantz injekzioa autologoa gaiaren gantza zakilaren azalaren azpian sartzea dakar. Horrek ez du zakila inola ere luzatzen, baina bisualki lodiagoa egiten du. Jarritako koipearen zati bat bakarrik ez da gorputzak denboran zehar xurgatzen (% 10-50 gaiaren arabera). Birxurgapena irregularra izan daiteke eta zakila "errosarioa" itxura ekar dezake.

Mikrozakilak oihartzun psikologiko nabarmenak izan ditzake, batez ere nerabezaroan, garrantzitsua da pertsonari laguntzea eta bere zalantzak kontuan hartzea.