The txokolate alergiak posibleak badira ere arraroa. Kasu honetan fenomeno alergikoa kakaoaren proteinetatik dator. Kontsumitzen duen pertsona alergikoak arnasa hartzeko zailtasunak izaten ditu, buruko mina, erupzioak, takikardia, azkurak eta urdaileko erretzea ditu.

Sintoma horiek txokolatea osatzen duten elementuekiko alergia duten pertsonengan ere antzeman daitezke (fruitu lehorrak, esnearen proteinak, etab..), nahiz eta, beraz, ez diren berez kakaoari alergia.